Вопрос в том, чтобы
свернуть программу именно
в трей. Если просто свернуть, то она падает на панель задач, занимая рабочее пространство.
Можно, конечно, использовать специальные программы для сворачивания в трей любых приложений. (Например, 4t Tray Minimizer)
Но если у вас есть возможность реализовать эту функцию при следующем обновлении, все пользователи будут этому несказанно рады.